Benoît Serive - CV web Benoît Serive

Lauréat du Prix de la vocation 2006

Lauréat 2013 Bourse Marie Curie IOF Programme OCEANCHArCoT

Membre du Réseau Francophone de Métabolomique et de Fluxomique

Membre de l'Association Francophone pour l'Enseignement et la Recherche en Pharmacognosie

Membre de l'American Society of Pharmacognosy

Membre de l'Association for the Sciences of Limnology and Oceanography

Reviewer pour les journaux
Marine Drugs et Algal Research

Invité au congrès Végétaux aquatiques : écologie et bénéfices (Porquerolles, octobre 2013)

Conférencier invité au 5ème Congrès International des Biotechnologies
(Valence, Espagne, Juin 2014)

En quelques mots :

Volontaire, passionné et sensible au respect des valeurs humaines, je souhaite mettre mes compétences au service de la recherche de molécules à haute valeur ajoutée issues de la biodiversité marine.

Domaine d'intérêt :

A l'interface entre l'océanographie biologique et la pharmacognosie marine

Palme d'or du superviseur érudit, bienveillant et intègre décernée à :

Prof. Ronald J. QUINN
(Griffith Institute for Drug Discovery, Brisbane, Australie)

Mentor inspirant :

Prof. émérite Jean-Michel KORNPROBST
(Université de Nantes)

Expériences

Projet scientifique autour de la biodiversité marine et ses applications biotechnologiques
Proposer des solutions bio-inspirées des organismes marins pour améliorer la santé humaine

Post-doctorant Marie Skłodowska-Curie

Station biologique de Roscoff - CNRS

Juin 2014 à juin 2017

CDD

Roscoff

France

Programme OCEANCHArCoT : OCEAN CHemodiversity Against Cell cycle Targets
Développement d'une stratégie de déréplication de molécules de microalgues assistée par des outils de métabolomique
Exploration in silico des voies de signalisations touchées par des métabolites marins d'intérêt
Exploration du mode d'action de métabolites marins à l'aide de biotests, cytométrie en flux, microscopie à épifluorescence
Recherche de voies de valorisation de bioressources marines (dermo-cosmétique, nutraceutique et nutrition animale/aquacole)
Implication dans l'axe 7 du PIA OCEANOMICs: Innovation platform for plankton screening for active compounds and metabolites
Culture de lignées cellulaires tumorales et non tumorales

Post-doctorant Marie Skłodowska-Curie

Griffith Institute for Drug Discovery - Griffith University

Juillet 2014 à août 2016

CDD

Brisbane

Australie - Queensland

Programme OCEANCHArCoT : OCEAN CHemodiversity Against Cell Cycle Targets
Production de fractions marine optimisées "drug like"
Évaluation d'activité biologique de fractions issues d'organismes de le grande barrière de corail australienne
Déréplication de signatures RMN de fractions marines
Aim: Research of new marine inhibitors targeted against desease-relevant proteins kinases

These latter are involved in various human pathologies such as cancer, neurodegenerative diseases or can be targeted to alter the life cycle of various parasites such as those responsible neglected parasitic diseases such as leishmaniasis and malaria. There are no physiological events not involving significant changes in protein phosphorylation. Therefore, PKs constitute currently the first class of targets used by pharmaceutical companies for the characterization of novel bioactive compounds. In a project intended to exploit the ocean biodiversity, Jean-Baptiste Charcot (1867-1936), a pioneer in oceanography established large collections of marine organisms. Taking this one step further, my project aims to source marine crude extracts from the Nature Bank collection (QLD, Australia), and from the unique Roscoff Culture Collection of microalgae (France) to identify new PK inhibitors. We will focus our analysis on PKs involved in the control of the cell division cycle (CDKs, TLKs and mitotic kinases such as Haspin and Auroras). The cellular effect of the selected inhibitors will be analysed on various cancer cell lines. This project will benefit from a new cutting edge technology will be used for the early screening of marine chemodiversity: bioaffinity (focused on PKs) mass spectrometry with a Bruker SolariX 12 Tesla FTMS. The lead-like enhanced fractions will be tested against various disease models and dereplicated in order to quickly identify bioactive molecules. Hit fractions will be produced in larger quantity before purification, characterization and pharmacological evaluation. In conclusion, OCEANCHArCoT will contribute, from Australia to France, to the research of marine bioactives to discover new therapeutic avenues to fight growing medical and social burdens such as cancer and Alzheimer’s disease.

Doctorant

IFREMER-Laboratoire Physiologie et Biotechnologie des Algues

Mars 2009 à décembre 2012

CDD

Nantes

France

Laboratoire dédié principalement aux applications biotechnologiques des microalgues ainsi qu'à l'étude de leur métabolisme
Recherche et production de métabolites d'intérêt en photochimiothérapie dynamique issus de micro-organismes photosynthétiques (travaux sous clauses de confidentialité)
Culture de microalgues et de cyanobactéries
Développement d'un biotest pour évaluer le potentiel d'intérêt visé en vue d'un criblage haut débit
Comparaison de méthodes de broyage cellulaire par la méthodologie des plans d'expériences
Optimisation d'extraction des molécules cibles
Développement de la déréplication des molécules cibles au moyen d'un couplage CLHP-UV DAD
Purification par chromatographie liquide haute performance
Analyse d'image
Cytométrie en flux
Valorisation de molécules par brevet en cours
Valorisation dans Bioresource Technology 124 : 311-320 (Serive et al, 2012)
Analyses pigmentaires de souches de Isochrysis afinis galbana pour l'équipe Algue & Génome du laboratoire PBA (IFREMER)
Comparaisons pigmentaires de souches de dinoflagellés pour le laboratoire de phycotoxines (IFREMER)
Étude pigmentaire d'un Glaucophyte
Composition pigmentaire de 45 souches de micro-organismes photosynthétiques

Etudiant en alternance (EPHE)

Groupe de recherche Mer Molécules Santé - Faculté de Pharmacie de l'Université de Nantes

Septembre 2007 à juillet 2008

Stage

Nantes

France

Laboratoire dédié à l'étude chimique des molécules marines d'intérêt
Extraction, purification, caractérisation de phospholipides et de stérols marins
Campagne de récolte de spongiaires, de cnidaires et d'échinodermes en plongée
Analyse et purification en chromatographie sur couche mince analytique et préparative
Purification en chromatographie liquide haute performance
Analyse par couplage chromatographie en phase gazeuse - spectrométrie de masse

Etudiant en alternance (EPHE)

Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marines - UBS

Janvier 2006 à août 2007

Stage

Vannes

France

Laboratoire dédié à la recherche d'activités biologiques à partir d'extraits marins
Mise au point de techniques de criblage d'activités biologiques
Culture de microalgues benthiques
Culture cellulaire (lignées cellulaires, bactéries, virus)
Tests anti-viraux
Tests anti-bactériens
Tests anti-fouling
Tests en cosmétologie (anti-radicaux libres, anti-élastase, anti-oxydant, anti-inflammatoires, cytotoxiçité)

Stagiaire biologiste

IFREMER - Laboratoire de Physiologie des Invertébrés

Avril 2004 à août 2004

Stage

Brest

France

Laboratoire dédié à l'étude des invertébrés d'intérêt aquacole
Recherche de méthodes alternatives à l'utilisation du chloramphénicol en élevage larvaire de coquille St Jacques (Pecten maximus)
Élevage larvaire de coquille St Jacques
Cultures de microalgues en continu et en batch
Techniques de microbiologie
Biotests en plaque de titration et en plaque de culture cellulaire
Analyse d'image

Embarquement pour évaluation des gisements de moule en vue de l’ouverture de la pêche aux pêcheurs professionnels dans le Nord Cotentin
Biométries

Enseignement et recherche en écologie des écosystèmes aquatiques mains, écologie animale et végétale, indicateurs biologiques, veille écologique
Collecte des échantillons sur l'estran
Détermination taxonomique
Analyses immunologiques de bivalves filtreurs
Transect

Élevage d'huîtres creuses, vente sur les marchés
Étude technico-économique : Engraissement contrôlé de l'huître creuse Crassostrea gigas par la diatomée Skeletonema costatum
Stage longue durée par alternance (équivalent 15 mois temps plein)
Détrockage, marées, mise en poche, conditionnement, étude technico-économique du projet (dont faisabilité, prévisions comptables)

Co-culture de microalgues et de macroalgues en raceway (principalement Odontella aurita et Chondrus cripus)
Dénombrement de microalgues
Récolte et tri de la biomasse
Conditionnement de la pâte de microalgues
Rédaction du document de synthèse : La filière française des macroalgues

Collecte des échantillons sur le terrain
Tri des échantillons
Dénombrement et biométries
Participation à l’étude d’évaluation de la biomasse et de la densité de la coque Cerastoderma edule en élevage dans le traict du Croisic

Élevage de moules de bouchots et sur filières
Tri des moules
Boudinage
Catinage
Conditionnement

Aquarium marin public
Nourrissage des bacs
Nettoyage des aquariums
Préparation des rations
Visites guidées à 2 groupes scolaires

Élevage larvaire de turbots (module nurserie)
Tri manuel des turbots (selon taille et malformations)
Contrôle des paramètres des bassins
Préparation des rations de granulés
Nourrissage
Pêche des turbots

Élevage de naissaim d'huîtres creuses et de palourdes japonnaises
Tri du naissaim
Nourrissage en micronurserie
Lavage des tamis
Comptages
Conditionnement du naissaim

Élevage de bars, daurades, turbots, gambas
Pêche à la senne
Nourrissage
Tri
Accueil des clients et vente directe
Désalguage des bassins

Entreprise Sachot G.
Entreprise Robin J-C.
Entreprise Lamarche S.
Entreprise Robard J-P.

Élevage larvaire et pré-grossissement de turbots (modules sevrage, nurserie et pré-grossissement)
Tri manuel des turbots (selon taille et malformations)
Tri mécanique des turbots (selon taille)
Vaccination des turbots par balnéation
Préparation des rations de granulés
Nourrissage
Pêche des turbots

Formations

Business, financement, stratégie, marketing

Thèse réalisée au Laboratoire de Physiologie et Biotechnologie des Algues - Centre IFREMER Nantes
Spécialité : Pharmacognosie marine et océanographie

Biologie cellulaire et moléculaire, cancérologie, cytométrie en flux, virologie

Pharmacognosie marine, cultures marines, droit maritime, biologie marine

Enzymologie, biochimie, biologie moléculaire, chimie bio-organique, intégration des voies métaboliques
Projet de recherche tutoré : Optimisation du procédé d’immobilisation d’une beta-galactosidase issue de Bacillus circulans en vue de son exploitation en bioréacteur

Océanographie physique et biologique, zoologie marine, algologie, aquariologie, géologie marine, halieutique, aquaculture
Étude biblio-technique : Méthodes de récolte et de tri des œufs en pisciculture marine
Étude bibliographique : L'hydrothermalisme marin
Projet de recherche tutoré : Étude des conditions de maintien et de culture de macroalgues pour décorer un aquarium marin d’espèces locales

Rédaction du document : Les microphytes marins

Étude des techniques aquacoles, économie, comptabilité

Etude des techniques d'élevage et de culture des espèces marines, biologie marine

Compétences

Analyses pigmentaires par CLHP-UV DAD
Extraction optimisée de micro-organismes photosynthétiques
Purification et culture de souches de microalgues
Purification de molécules naturelles marines
Développement de tests d'activités biologiques (anti-fouling, cosmétologie, pharmacologie)
Développement d'une stratégie de criblage d'activité pharmacologique
Collecte d'organismes marins en plongée pour études
Microscopie optique
(dénombrement cellulaire et analyse d'image)
Culture cellulaire (lignées cellulaires humaines et animales, virus)
Bases de cytométrie en flux sur Accuri c6
Techniques de microbiologie de base (Isolement, culture, biotest)

Veille scientifique et technologique
(base de brevets)
Études par plans expérimentaux
(criblage de facteurs et optimisation)
Analyses statistiques des données
(Statgraphics, Xlstat, Matlab)
Élaboration et gestion de projet (Diagramme de Gantt, Mind Mapping sur Mindmanager, devis, gestion des stocks)
Rédaction de cahier des charges
Reporting des résultats
Collaborations avec des laboratoires extérieurs (IFREMER Brest, LEMAR, CHU Nantes, Institut de Chimie de Nice, plateforme BIODIMAR Brest, Laboratoire de Phycotoxines Nantes)
Publications dans journaux à comité de lecture
Réseautage scientifique
Vulgarisation scientifique (Journée Mondiale des Océans, Square des Sciences, Fête de la Science, sortie estran)

Formation aux premiers secours
Permis de conduite des navires conchylicoles
Permis côtier
RIFA Plongée : Réactions et Intervention Face à un Accident subaquatique

Centres d'intérêt

Plongée sous-marine (N4 FFESSM)
Surf
Natation
Kayak
Tai-chi-chuan
Apnée

Sénégal
Allemagne
Écosse
Norvège
Australie
USA
Portugal
Fidji

Aquariophilie (10 ans)
Oenologie

Study on the microalgal pigments extraction process: performance of microwave-assisted extraction (2011) Process Biochemistry 46: 59-67
Antiproliferative activity of violaxanthin isolated from bioguided fractionation of Dunaliella tertiolecta extracts (2011) Marine Drugs 9: 819-831
Selection and optimisation of a method for efficient metabolites extraction from microalgae (2012) Bioresource Technology 124: 311-320
Screening marine resources to find novel chemical inhibitors of disease-relevant protein kinases (2015) Medecine/Sciences 31(5): 538-545
Community analysis of pigment patterns from 37 microalgae strains reveals new carotenoids and porphyrins characteristic of distinct strains and taxonomic groups (2017) PLoS One 12(2): 1-35
Constituents of Acacia nilotica (L.) Delile with novel kinase inhibitory activity (2017) Planta Medica International Open 4:108-113
Marine pigment diversity: applications and potential (2018) In: Blue Biotechnology: production and use of marine molecules
Microalgal biomass of industrial interest: methods of characterization (2020, in process) In: Biomass, waste and related by-products characterization

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